一声响指，宇宙间半数生命灰飞烟灭。几近绝望的复仇者们在惊奇队长（布丽·拉尔森 Brie Larson 饰）的帮助下找到灭霸（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰）归隐之处，却得知六颗无限宝石均被销毁，希望彻底破灭。如是过了五年，迷失在量子领域的蚁人（保罗·路德 Paul Rudd 饰）意外回到现实世界，他的出现为幸存的复仇者们点燃了希望。与美国队长（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰）冰释前嫌的托尼（小罗伯特·唐尼 Robert Downey Jr. 饰）找到了穿越时空的方法，星散各地的超级英雄再度集结，他们分别穿越不同的时代去搜集无限宝石。而在这一过程中，平行宇宙的灭霸察觉了他们的计划。

十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村，当时的第四代火影拼尽全力，以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待，所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依，一晃十多年过去了，少年鸣人考入了木叶村的忍者学校，结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一，当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了，然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸，佐助自小就发誓要超越哥哥，为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了教官卡卡西的精心指点，在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战！

拥有28万人口的三门市，其境内某天突然打开了一扇通往未知世界的大门。从大门的另一端，被称为“近界民”的怪物蜂拥而出。人类惊慌失措之余发现，地球现有的武器对近界民完全没有任何效果。危急时刻，神秘团体境界防卫组织“BORDER”出现击退近界民，三门市总算回归往昔的正常生活。如是过了四年半的时间，隐藏着作为“BORDER”成员身份的初中学生三云修（梶裕贵 配音）和转学生空闲游真（村中知 配音）相遇，而对方竟然是来自门另一头的近界民，此行的目的是为了找到自己的父亲。分出不同阵营的二人，注定要在命运的战争中激烈碰撞……